Jabatan kepala sekolah merupakan jabatan top management di SMK Muhammadiyah 04 Boyolali, pemegang kekuasaan tertinggi dalam mengatur managemen dari SMK Muhammadiyah 04 Boyolali.
Sejak berdiri tahun 1997 sampai 2019 SMK Muhammadiyah 04 Boyolali telah dipimpin oleh 3 orang kepala sekolah.
- H. Drs. Sudarno, M.Pd.
Beliau merupakan salah satu pendiri SMK Muhammadiyah 04 Boyolali dari beberapan pendiri lainnya. beliau di daulat untuk menjadi kepala sekolah pertama sejak tahun 1997 hingga tahun 2014. Di bawah pimpinan beliau jurusan yang ada di SMK Muhammadiyah 04 boyolali menjadi jurusan yang diminati oleh masyrakat, masa – masa awa beliau merupakan masa “babat alas” bagi SMK Muhammadiyah 04 Boyolali, sehingga kemudian sekolah ini mulai dikenal banyak oleh masyarakat boyolali.
2. Alif Agus Sutesna, S.Pd
Setelah purna tugas selaku PNS, bapak Sudarno atas pertimbangan dari majelis dikdasmen dari muhammadiyah boyolali digantikan oleh bapak Alif Agus Sutesna, S.Pd, beliau basic dari guru produktif TPMI, karir sebelumnya adalah menjadi WKS bidang kurikulum.
Dalam tahun-tahun kepemimpinannya, SMK Muhammadiyah 04 Boyolali mencoba untuk melebarkan sayap dengan menambah jurusan menjadi total 7 jurusan.
3. Suprap, S.Pd.
Saat ini, Bapak Suprap, S.Pd. menjabat sebagai kepala SMK Muhammadiyah 04 Boyolali periode 2022-2025. Sebelum menjadi kepala sekolah, Bapak Suprap pernah menjabat sebagai WKS Kesiswaan dan WKS Kurikulum. Dengan jam terbang yang tinggi, akhirnya beliau dipercaya dan mendapat amanah sebagai kepala SMK Muhammadiyah 04 Boyolali.
Selama masa kepemimpinan Bapak Suprap, SMK Muhammadiyah 04 Boyolali berkembang menjadi sekolah yang memiliki banyak kegiatan dan prestasi, bahkan memperoleh hibah sebagai SMK Pusat Keunggulan. Adapun jurusan yang mendapat hibah sebagai SMK PK adalah Teknik Mekanik Industri (TMI).
Dengan diraihnya predikat sebagau SMK Pusat Keunggulan pada kompetensi keahlian tertentu, SMK Muhammadiyah 04 Boyolali mengalami peningkatan kualitas dan kinerja, yang diperkuat melalui kemitraan dan penyelarasan dengan dunia usaha, dunia industri, serta dunia kerja.