Farmasi merupakan kompetensi keahlian dengan fokus studi di bawah payung ilmu medis. Materi utama jurusan ini adalah ilmu pengobatan, di mana peserta didik dibekali keterampilan dalam pembuatan obat dan hal yang berhubungan dengan apoteker. Farmasi SMK Muhammadiyah 04 Boyolali memiliki unit produksi berupa apotek yang bernama Surya Farmas. Apotek ini dikelola langsung oleh siswa Farmasi, yang mengutamakan pelayanan dan pemberian resep obat-obatan.